W dniu 24 czerwca 2020 r. parafia pw. św. Jana Chrzcicela w Bągracie świętowała 700-lecie swego istnienia. Mszy św. przewodniczył bp Jacek Jezierski, który w wygłoszonej homilii przypomniał dzieje kościoła [wybudowanego ok. 1320 r.] oraz wspólnoty parafialnej. Na zakończenie liturgii biskup elbląski poświęcił odnowiony staraniem ks. proboszcza Tadeusza Szamatowicza ołtarz dedykowany św. Janowi Chrzcicielowi oraz dwie figury aniołów. W uroczystości uczestniczyli: ks. kan. Antoni Myjak [dziekan] oraz księża z dekanatu Dzierzgoń.
Bągart należał do sieci parafii w diecezji pomezańskiej, w państwie krzyżackim, w komturii dzierzgońskiej. Parafia miała powstać w latach 1301-1311. Kościół parafialny wybudowano ok. 1320 roku.
W czasie Reformacji opiekę nad katolikami na Powiślu przejęli biskupi chełmińscy, a w 1821 r. dekanat Dzierzgoń został włączony do diecezji warmińskiej.
Na początku XVII w. parafią kierował proboszcz z Dzierzgonia. Tak było również w XVIII w. [1711, 1749]. Parafia stała się filią [córką] parafii Dzierzgoń, to znaczy straciła autonomię [1788 ?]. W 1989 r. Bągart stał się na nowo samodzielną społecznością religijną – parafią z własnym duszpasterzem.
Kościół w Bągarcie był dedykowany św. Janowi Chrzcicielowi oraz św. Michałowi Archaniołowi. Świątynia była kilkakrotnie remontowana, odbudowywana [1731]. Podczas potopu szwedzkiego [1655-1660] uległa dewastacji, a w 1794 strawił ją pożar. Kościół odbudowano ponownie w 1795 r. [proboszcz dzierzgoński ks. Michał Eberlein].
Średniowieczna parafia pw. św. Jana Chrzciciela w Bągarcie została odtworzona przez biskupa warmińskiego Edmunda Piszcza 1 lipca 1989 roku. Obecnie wchodzi w skład zespołu parafii w dekanacie Dzierzgoń, od 25 marca 1992 r. w diecezji elbląskiej.